Also wenn du einen Root Server hast, dann solltest du dich meiner Meinung nach auch auskennen! Alles andere ist mehr als fahrlässig.
Wenn sich dein Hoster so sicher ist warum prüft er das denn nicht? Oder kostet das Aufpreis?
Also ich würde grundlegend erst einmal prüfen ob nur der Webspace oder der gesamte Server verseucht ist.
Bedeutet, ersteinmal alles was nach deiner FTP Root ist überprüfen wenn du da keine verdächtigen Dateien findest, dann musst du warten bis ein echter Linux Freak kommt ... denn das bin ich auch nicht